日本では、信教の自由は、「何人に対しても」これを保障するとされているため、政治家であっても宗教および思想について制限を加えることができないとする考え方が一般的である。しかし一部の人々は、政治家は国の機関であり、参拝は同条3項の国の機関による宗教的活動に該当すると主張、政治家が靖国神社に参拝することは憲法違反であるという説を採る。また、政治家が参拝することが、間接的な靖国神社への特権となるという説を採る人々も存在する。
日本では、宗教性の有無に関して「参拝は宗教的行為ではなく、習俗的行為であるから政教分離原則には抵触しない」とする主張と、「参拝は宗教的行為であるから問題である」とする主張が対立している。首相の公式参拝について、神道形式に則った参拝が「憲法20条との関係で違憲の疑いを否定できない」という認識は1980年（昭和55年）の政府見解でも確認されたが、後の1985年（昭和60年）中曽根康弘内閣当時に発足した「閣僚の靖国神社参拝問題に関する懇談会」は「宗教色を薄めた独自の参拝形式をとる事により公式参拝は可能」と判断、その方法であれば「首相の参拝は宗教的意義を持たないと解釈できる」とし、「憲法が禁止する宗教的活動に該当しない」との政府見解が出された[1] [3]。首相の参拝行為の宗教性について幾つかの裁判で争われているが、各裁判の判決は参拝の際に玉串料などを公費で支出したことについてのみに合憲・違憲の判断をしており、参拝自体が違憲であるとする判決は無い。
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公人においても公私を区別するべきだという論点がある。これは第66代総理であった三木武夫が1975年8月15日、総理としては初めて終戦記念日に参拝した際に、私的参拝4条件（公用車不使用、玉串料を私費で支出、肩書きを付けない、公職者を随行させない）による「私人」としての参拝を行った以降、特に論じられるようになったものである。