伊賀国（現在の三重県伊賀市）で、松尾与左衛門と妻・梅の次男として生まれる。松尾家は、農業を業としていたが、松尾の苗字を持つ家柄だった。出生地には、赤坂（現在の伊賀市上野赤坂町）説と柘植（現在の伊賀市柘植）説の2説がある。これは、芭蕉の出生前後に松尾家が柘植から赤坂へ引っ越しをしていて、引っ越しと芭蕉誕生とどちらが先だったかが不明だからである。
若くして、伊賀国上野の侍大将・藤堂新七郎良清の嗣子・主計良忠（俳号は蝉吟）に仕え、2歳年上の良忠とともに北村季吟に師事して俳諧の道に入った。1666年に良忠が歿するとともに仕官を退く。
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1672年、処女句集『貝おほひ』を上野天満宮（三重県伊賀市）に奉納。1675年に江戸に下り、神田上水の工事に携わった後、1678年に宗匠となり、職業的な俳諧師となった。1680年に深川に草庵を結ぶ。門人の李下から芭蕉を贈られ、芭蕉の木を一株植えたのが大いに茂ったので「芭蕉庵」と名付けた。その入庵の翌秋、字余り調の芭蕉の句を詠んでいる。