最近は魚介類に含まれるダイオキシン類や水銀（メチル水銀）が問題になっており、妊婦に対して、魚介類の摂取量や回数を制限するようにとの勧告をしている。農林水産省は魚介類の体中ダイオキシン類濃度を発表しているが、北海道日本海沖のカニの内臓が顕著に高濃度を呈している。
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また、地中海のマグロの体中ダイオキシン類濃度が高いので健康影響が懸念されている。マグロなど食物連鎖の上位に位置する大型の魚には水銀が累積されており（生物濃縮）、胎児に影響があるとして厚生労働省が魚介類の摂取量や回数を制限するようにとの勧告をしている。